Celem Inicjatywy Wspólnotowej INTERREG III, finansowanej ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego (ERDF), jest wspieranie współpracy przygranicznej, międzynarodowej i międzyregionalnej zarówno na zewnętrznych, jak i wewnętrznych granicach Unii.
W ramach INTERRREG III wydzielone zostały trzy komponenty:
Komponent A - współpraca przygraniczna władz publicznych sąsiadujących ze sobą obszarów w celu rozwijania przygranicznych ośrodków gospodarczych i społecznych poprzez wdrażanie zarówno projektów infrastrukturalnych, jak i "miękkich"
Komponent B - współpraca transnarodowa między władzami krajowymi, regionalnymi i lokalnymi w ramach dużych regionów paneuropejskich, mająca na celu zrównoważony i skoordynowany rozwój przestrzenny
Komponent C - współpraca międzyregionalna w skali europejskiej, której celem jest rozwój powiązań sieciowych w zakresie polityki regionalnej, upowszechnianie systemowych przykładów właściwego rozwiązywania problemów, wymiana informacji i doświadczeń dotyczących rozwoju regionalnego oraz polityk i technik kohezyjnych.
W Województwie Małopolskim w ramach komponentu A realizowany jest Program Polska - Republika Słowacka 2004-2006, obejmujący swoim zasięgiem trzy polskie województwa: małopolskie, śląskie i podkarpackie oraz dwa słowackie kraje: Žilinsky i Prešovsky. Informacji nt. Programu udziela zlokalizowany w Departamencie Polityki Regionalnej i Funduszy Strukturalnych Urzędu Marszałkowskiego Województwa Małopolskiego Regionalny Punkt Kontaktowy ds. IW Interreg IIIA.
Departament Polityki Regionalnej i Funduszy Strukturalnych prowadzi także dwa projekty realizowane w ramach Programu Strefy Zachód i Programu Strefy Południe komponentu C, w których Województwo Małopolskie jest partnerem. Oba projekty mają charakter Regionalnej Operacji Ramowej (RFO) - małego przedsięwzięcia, w którym udział biorą 3-4 regiony europejskie.
Celem projektu GROW "Wybór wzrostu i wdrożenia Agendy Lizbońskiej oraz Geteborskiej poprzez regiony" jest przygotowanie programu współpracy pomiędzy wysoko rozwiniętymi regionami europejskimi (Region Noord-Brabant w Holandii, Emilia-Romagna we Włoszech, Andaluzja w Hiszpanii i Małopolska), mającymi podobne wyzwania i dzielącymi podobną wizję - nie "wzrost za wszelka cenę", ale "wzrost zrównoważony".
Partnerzy projektu SMART "Zrównoważone wspieranie procesów transformacji regionalnej" (Region Aragón w Hiszpanii, Saksonia w Niemczech, Dytiki Mekedonia w Grecji i Małopolska) postawili sobie natomiast za zadanie analizę zmian strukturalnych w kontekście nowych wyzwań wynikających z rozszerzenia Unii Europejskiej oraz reformy polityki strukturalnej rozszerzonej Unii po roku 2006.
Ponadto Urzędzie Marszałkowskim Województwa Małopolskiego realizowane są we współpracy z partnerami zagranicznymi inne projekty finansowane w ramach IW INTERREG IIIC.
Departament Polityki Społecznej koordynuje wdrażanie projektu sieciowego pn. Health Cluster NET "Efektywniejsze angażowanie sektora służby zdrowia w ekonomiczną i społeczną politykę regionalną i rozwój", w którym Województwo Małopolskie jest jednym z 14 partnerów.