Urząd Marszałkowski, jako jednostka pomocnicza Zarządu województwa, jest sprawnym i skutecznym urzędem regionalnej administracji publicznej, realizującym we współpracy z partnerami ustawowe i własne zadania na rzecz rozwoju Małopolski. Wytyczone w przez Marszałka Województwa Małopolskiego cele strategiczne mają służyć realizacji powyższej misji. Istotą ich są ciągły rozwój potencjału Urzędu i doskonalenie działań w zakresie informatyzacji procesu pracy. Elastyczne dostosowywanie się do zmieniających się warunków działania administracji publicznej spowoduje wzrost roli Urzędu jako regionalnego koordynatora, nie tylko promującego własne inicjatywy, ale i integrującego działania różnych środowisk.
Zarząd województwa przy pomocy Urzędu Marszałkowskiego wykonuje uchwały Sejmiku Województwa oraz zadania województwa określone przepisami prawa.
Kierownikiem Urzędu Marszałkowskiego jest Marszałek Województwa Marek Sowa.
Marszałek kieruje Urzędem przy pomocy Wicemarszałków, Członków Zarządu, Sekretarza Województwa, Skarbnika oraz Dyrektorów Departamentów.
Marszałek wykonuje uprawnienia zwierzchnika służbowego w stosunku do pracowników Urzędu.
Marszałek może w drodze zarządzenia upoważnić Członków Zarządu, Sekretarza Województwa oraz Dyrektorów Departamentów do wykonywania niektórych uprawnień zwierzchnika służbowego pracowników.
Szczegółowe zakresy obowiązków i uprawnień Skarbnika, Sekretarza Województwa Zastępcy Dyrektora Departamentu Audytu i Kontroli, Pełnomocnika Marszałka ds. Ochrony Informacji Niejawnych oraz Dyrektorów Departamentów ustala Marszałek w drodze zarządzenia.
Sekretarzem Województwa jest Agata Błahuciak.
Sekretarz Województwa, działając z upoważnienia Marszałka koordynuje działalność wszystkich Departamentów. Sekretarz Województwa koordynuje realizację uchwał Sejmiku i Zarządu wykonywanych przez wszystkie Departamenty Urzędu i wojewódzkie samorządowe jednostki organizacyjne oraz wojewódzkie osoby prawne.
Skarbnikiem Województwa jest Marta Tylek.
Skarbnik prognozuje oraz koordynuje i nadzoruje politykę finansową Województwa oraz prowadzoną w jej ramach gospodarkę finansową.
Urząd Marszałkowski składa się z departamentów:
Departament Audytu i Kontroli
Departament Budżetu i Finansów
Departament Edukacji, Kultury i Dziedzictwa Narodowego
Departament Funduszy Europejskich
Departament Organizacyjno - Prawny
Departament Polityki Regionalnej
Departament Zdrowia i Polityki Społecznej
Departament Rozwoju Gospodarczego
Departament Środowiska, Rolnictwa i Geodezji
Departament Transportu i Komunikacji
Departament Turystyki, Sportu i Promocji
Kancelaria Sejmiku
Kancelaria Zarządu